Si crede che i Greci l’abbiano chiamato Krapanj secondo il fango di Jadrtovac (in greco: Kopranon), dove, ancor’oggi gli abitanti di Krapanj hanno i loro vigneti. Un'altra versione racconta che, nel periodo di elevata alta marea, quando il mare entrava nelle cantine, Krapanj risultava completamente sott’acqua; con la bassa marea, sui bordi dell’isola rimaneva il fango.

Prima dell’insediamento umano, tutta l’isoletta era coperta da un folto bosco verde e, secondo gli antichi documenti, rappresentava l’orgoglio della regione. L’isola di Krapanj all’epoca apparteneva al Capitolo di Šibenik che l’ha ceduta al nobile di Šibenik, Tomo Jurić.
Il titolare dell’isola di Krapanj, Toma Jurić ha iniziato, nel 1436 la costruzione di una cappella, con il consenso del Papa Eugenio IV°.

Nel suo testamento, Toma Jurić regala l’isoletta ai francescani. In data 5 Dicembre 1446, i cinque figli di Toma Jurić si incontrano con i francescani per discutere il futuro dell’isola. E stato accordato che e vietato costruire sull’isola, che il terreno non puo essere ne regalato ne venduto, e che e concesso il pascolo sull’isola. La chiesa della Santa Croce di Krapanj e stata beatificata nel 1523.

La colonizzazione dell’isola di Krapanj inizia come conseguenza dell’invasione dei turchi e fuga della popolazione in zone piu sicure. Gia nel 1500 Krapanj aveva circa 200 case di campagna (don Krsto Stošić, villaggi della regione di Šibenik). Insediati sull’isola senza una sorgente di acqua potabile, pascoli ne terra da coltivare, che potrebbero assicurare una vita normale, gli immigrati hanno subito iniziato a rivolgersi al mare come fonte di sopravvivenza.