Man glaubt, die Griechen haben die Insel nach dem Jadrtovac–Schlamm (griech. Kopranon) genannt, wo die Einwohner auch noch heute ihre Weinberge haben. Eine andere Geschichte erzählt, wie Krapanj in den Zeiten der großen Flut, bei dem das Wasser in die Keller eindrang, voll unter Wasser stand. Wenn sich dann das Meer wieder zurückgezogen hatte, blieb am Rande der Insel Schlamm zurück.

Als die Insel noch unbesiedelt war, war die ganze Insel mit grünem Wald bedeckt und als solcher war dieser, nach alten Schriften, ein Stolz der Provinz. Die Insel Krapanj wurde als kirchlicher Besitz von der Familie Tomo Juric abgekauft. Als Besitzer fing Tomo Juric an, auf Krapanj eine Kirche zu bauen. Der Krichenbau wurde im Jahr 1436, nach der Zustimmung des Papstes Eugen IV., angefangen.

In seinem Testament schenkte Toma Jurić die Insel den Franziskanern. Die fünf Söhne des Tomo Jurić trafen sich am 5. Dezember 1446 mit den Franziskanern um über das Schicksal der Insel zu sprechen. Die Vereinbarung war, dass man auf der Insel nicht bauen dürfe. Der Besitz durfte nicht verkauft, auch nicht verschenkt werden und es wurde keine Weide auf der Insel erlaubt. Die Kirche des Heiligen Kreuzes auf Krapanj wurde1523 geweiht.

Im 15 Jh. fanden viele Flüchtlinge aus dem Innenland auf der Insel ihren Zufluchtsort vor den türkischen Eroberern. So fing die Ansiedlung der Insel Krapanj an. Schon um 1500 waren auf Krapanj ca. 200 Dorfhauser (don Krsto Stošić, Dörfer des Bezirks Sibenik). Auf der Insel war wegen Mangels an Trinkwasser, Weidenplätze und bebaubarer Erde, kein normales Leben möglich. Aus diesem Grund orientierten sich Ankömmlinge sehr schnell an den Meeresschätzen und deren Ausnutzung um überleben zu können.